Коли в 1096 році на Київ напали половці і розорили Печерський монастир, винищивши багатьох ченців, преподобний Євстратій був узятий в полон і разом з тридцятьма монастирськими робітниками і двадцятьма киянами проданий в рабство одному юдеєві, що сидів у місті Корсуні. Богопротивний єврей став примушувати бранців відректися від Христа, погрожуючи тим, що противляться заморити голодом в кайданах. Але мужній інок Євстратій молитовно зміцнював і повчав своїх братів-християн духовними повчаннями: "Браття! Хто з вас хрестився і увірував в Христа, нехай той не змінює обітниці, даної при Хрещенні. Христос відродив нас водою і Духом, спас нас від прокляття Закону Своєю Кров'ю і зробив нас спадкоємцями Свого Царства. Якщо живемо - будемо жити для Господа; якщо помремо - помремо в Господі і тимчасовою смертю знайдемо вічне життя". Укріплені словами преподобного, бранці віддали перевагу краще померти від нестачі тимчасової їжі і пиття, але не відректися від Христа, Який є їжею і питтям вічного життя. Виснажені голодом і спрагою, усі п'ятдесят полонених через кілька днів померли. Тільки один преподобний Євстратій залишився живим, тому що з юних років звик до посту. Відчуваючи докори голодом, він вже протягом чотирнадцяти днів не доторкався до їжі і воді. Безбожний єврей, бачачи, що через чорноризця пропали його гроші, заплачені за полонених, вирішив помститися святому ченцю.  

Наближалося Світле Христове Воскресіння, і єврей-рабовласник під час святкування юдейської пасхи, зібравши своїх друзів, розіп'яв на хресті преподобного Євстратія. Жорстокі мучителі, оточивши розп'ятого святого, паплюжили страстотерпця і пропонували скуштувати їхньої паски. На це преподобномученик відповідав: "Великої благодаті сподобив мене нині Господь. Він дарував мені ласку постраждати за Ім'я Його на хресті за образом Його страждань ...".

Почувши це, розгніваний єврей схопив спис і пронизав ним прибитого цвяхами до хреста преподобномученика Євстратія. Святе тіло страждальця, зняте з хреста, було вкинуте в море. Віруючі християни довго шукали святі мощі мученика, але не змогли їх знайти. Промислом Божим нетлінні мощі були знайдені в печері і виділяли безліч чудес. Згодом вони були перенесені до Ближніх печер Києво-Печерського монастиря.

Передбачення святого мученика Євстратія про те, що кров його буде помщена, виповнилося негайно після його смерті. У той же день прийшло веління грецького імператора вигнати з Корсуні всіх євреїв, позбавивши їх майна, а старійшин побити за муку християн. Єврей, які розпинали преподобномученика Євстратія, був повішений на дереві, отримавши справедливу відплату за беззаконня.