П'ятий Вселенський Собор (Константинопольський II) був у Константинополі, при святому благовірному царі Юстиніані I (527-565) в 553 році, для вирішення питання про правовірність трьох давно померлих єпископів: Феодора Мопсуєтського, Феодорита Кирського і Верби Едесського, які ще за часів Третього Вселенського Собору (4З1; пам'ять 9 вересня) у своїх писаннях висловлювали несторіанські думки. Оскільки Собор Халкідонський (451; пам'ять 16 липня), що засудив монофізитів і обвинувачений ними в несторіанство, не засудив трьох зазначених єпископів (так само як і Третій Вселенський), то, щоб відібрати в евтихіан привід до звинувачення православних в співчутті несторіанству і схилити єретичну партію до єднання з послідовниками Халкідонського Собору, святий Юстиніан видав указ, в якому в трьох окремих "главах" засуджувалися три згадані єпископи. Але оскільки цей указ не був визнаний усіма представниками Церкви (особливо на Заході і, зокрема, в Африці), то виникла суперечка про "Три розділи". Для вирішення цього спору і був скликаний П'ятий Вселенський Собор.

На цьому Соборі були присутні 165 єпископів. Папа Вігілій (537-555), що був у Константинополі, відмовився брати участь у Соборі, хоча був три рази запрошений офіційною депутацією від імені присутніх єпископів і самого імператора. Собор відкрився під головуванням святого Євтихія, Патріарха Константинопольського (552-565; 577-582). Згідно імператорським едиктом, справа про "Три розділи" було ретельно розглянута впродовж восьми засідань з 4 травня по 2 червня 553 року. Анафема (прокляття) була виголошена на особу і на вчення Феодора Мопсуетского безумовно, але щодо Феодорита і Верби засудження обмежилося тільки деякими творами, а особи їх як очищені Халкідонським Собором без сумніву, внаслідок каяття, були помилувані від анафеми. Необхідність цього заходу була обумовлена ​​тим, що в засуджених творах містилися висловлювання, що дозволяли несторіанам тлумачити на свою користь визначення Халкідонського Собору. Але поблажливість отців Собору в дусі ікономії щодо особисто єпископів Верби і Феодорита озлобило монофізитів проти соборного рішення. Незважаючи на це, імператор наказав оприлюднити соборну постанову, а Папу Вігілія як однодумця єретиків покарати відлученням від Церкви. Згодом Папа погодився із загальною думкою отців і підписав соборне визначення. Але єпископи Істрії і вся область Аквілейського митрополита понад століття залишалися в розколі.

На Соборі отці розглядали також помилки пресвітера Орігена, знаменитого церковного вчителя III століття. Його вчення про перевтілення людських душ було засуджено. Засуджено були також єретики, які не визнавали загальне воскресіння мертвих.