Новодворська ікона Божої Матері була ієромонахом Петром, ченцем монастиря на Волині. Він випросивши благословення ігумена, залишив обитель у пошуках відокремленого місця. На річці Раті, біля урочища, яке називалося Новий Палац, він поставив келію і став подвизатися в безмовності. Згодом дома його подвигів утворився монастир, названий Новодворским.

Після підписання Брестської унії, під час гоніння уніатів, які пограбували Новодворський монастир, святу ікону було перенесено якимсь ієромонахом Яковом до Чернігівського Єлецького Свято-Успенського монастиря.

14 серпня 1677 року, під час перенесення хресною ходою зі старої церкви в нову, святий образ Божої Матері виявив чудові знамення. Святитель Димитрій Туптало, який прибув на поклоніння чудотворній іконі, був свідком того, що єпископ Целерський Никодим після Літургії 16 серпня 1677 року оголошував перед присутніми віруючими про ці чудеса.

Згодом чудотворний Новодворський образ Пресвятої Богородиці перебував у Новгород-Сіверському Спасо-Преображенському монастирі, закритому наприкінці 50-х років XX століття. Сам первообраз святої ікони в роки лихоліття було втрачено.

Одним з ченців скасованого монастиря список з чудотворного образу було перенесено до м. Ніжина, а в 1997 році його було передано до місцевої Хрестовоздвиженської церкви.

У 2000 році Новодворську ікону Божої Матері було поміщено в кіот, щонеділі перед чудотворним чином служить акафіст Покрову Пресвятої Богородиці.

Інші списки з чудотворної Новодворської ікони Божої Матері знаходились у Кам'янському Успенському жіночому монастирі Новозибківського повіту Чернігівщини та у Київському Золотоверхому Михайлівському монастирі.

У 2004 році під час відвідування Спасо-Преображенського Новгород-Сіверського монастиря президент України пан Леонід Кучма подарував в дар обителі список із чудотворної ікони, написаний у XVIII століття.

Новодворська ікона Пресвятої Богородиці є поясним зображенням Богоматері з Божественним Немовлям на Її лівій руці, глави Яких прикрашені вінцями.