Народився в підмосковному селі Пехорка і з юних років прагнув до чернецтва. З волі батьків одружився, прийняв сан священства, але через рік овдовів і прийняв постриг у Дубенському Успенському монастирі. За доброчесне життя був обраний ігуменом обителі і так багато потрудився для неї, що згодом вона стала називатися його ім'ям - Серапіоновою пустинню.

Бажаючи віддатися більш суворим подвигам, святий складає з себе настоятельство і переходить до Троїце-Сергієвої лаври, в якій в 1495 році стає ігуменом. Святий користувався великою повагою великого князя Івана Васильовича, і відомо, що за його клопотанням він помилував трьох засуджених на смертну кару бояринь.

Він був присутній на Соборі (1504 року), де гаряче відстоював церковні і монастирські маєтки, як засіб добродійності.

У 1506 хіротонісаний в архієпископа Новгородського. Під час великої пожежі в Новгороді, у 1508 році, святитель своїми слізним молитвами ублагав Господа її припинення.

Багато бід переніс святитель Серапіон: в 1509 році він був позбавлений кафедри і засланий до Московського Андроникового монастиря. У 1511 святитель Серапіон переселяється до Троїце-Сергієвої лаври, де в безупинному подвигу богоміркування і молитви проводить останні роки життя, сподобився від Господа дару прозорливості і чудотворення.

Прийнявши схиму, святитель мирно помер 16 березня 1516року. Нетлінні мощі його були знайдені 7 квітня 1517 і донині почивають під спудом у Серапіонових палат, біля Троїцького собору, в Троїце-Сергієвій лаврі.

Господь прославив Свого угодника даром чудотворення як за життя, так і після смерті: одного разу в свято Успіння святитель зцілив кульгавого, який багато років повзав на ногах і руках, спираючись на деревинки.

У 1608 році, під час облоги лаври поляками, багато ченців та миряни бачили його в святительському облаченні, що прийшов до храму помолитися про свою обителі.