Після татарської навали вся південно-західна Русь, спустошена і розорена, майже обезлюдніла. Через сто років її зайняли литовські війська. А коли в кінці 15-го століття була проголошена Люблінська унія і Польща з Литвою були сполучені, то для корінного руського православного населення настали тяжкі часи гноблення православної віри.

У 1559 році приїхав на Волинь грецький митрополит Неофіт і привіз із собою чудотворну ікону Божої Матері. За порадами понад він залишив її в будинку благочестивої поміщиці Ганни Гойської.

У 1596 році над православною вірою, за допуском Божим, вибухнуло страшне лихо: справа була в тому, що, переслідуючи православних, польський уряд намагався зробити так, щоб єпископські кафедри заміщалися особами не стійкими у православ'ї, і ці єпископи погодилися визнати владу папи на соборі, скликаному у Брест-Литовську.

Православний обряд зберігався, але особи, які погодилися на це з'єднання, або унію, стали католиками. А народ, що залишився вірним православ'ю і не визнавав Брестську унію, католики стали ще більше утискати і пригнічувати.

Тоді багато хто почали йти в степи і задніпровські пороги і там утворили вільне козацьке військо, яке багато разів піднімало повстання для захисту православної віри.

Інші стали об'єднуватися у церковні братства або ж ставати під захист вельмож, що залишилися вірними православ'ю. Найвиднішим з них був князь Костянтин Острозький, навколо якого утворилося коло вчених. Він заснував у своєму місті Острозі духовну академію та друкарню, і вони багато писали на захист православ'я.

На наступний же рік після оголошення унії, Ганна Гойська, заради зміцнення православ'я, передала чудотворну ікону, що зберігалася у неї монахам-пустельникам, що подвизалися на горі, яка звалася Почаївською, і з тих пір свята ця ікона стала іменуватися Почаївською іконою Божої Матері.

Почаївська гора знаходилася недалеко від маєтку Ганни Гойської і стала відомою давно, ще за часів татарської навали в 1240 році. Сама Пресвята Богородиця з'явилася на ній пастухам, причому в пам'ять цього зволила залишити слід Своєї стопи, так і називається «Стопа Пресвятої Богородиці». З тих пір на цій горі почали підв'язуватись відлюдники, на ній знайшли притулок і ченці зруйнованого Києво-Печерського монастиря. З часу перенесення на Почаївську гору чудотворної ікони Божої Матері там заснували монастир.

Преподобний Йов жив у ці важкі часи. Він народився в 1550 році в Галичині і називався в миру Іван Залізо. Десятирічним хлопцем він вступив до Угорницького монастиря. У цьому ранньому віці він так досяг успіху в чернечих подвигах, що в дванадцятирічному віці був уже пострижений у мантію з ім'ям Іова, після досягнення досконалого віку возведений у сан священика, а в тридцять років удостоєний великої схими, причому йому було повернуто ім'я Іван. Він особливо любив це ім'я і завжди ним підписувався, але до лику святих він був зарахований з ім'ям Іова.

На прохання князя Острозького, преподобний Іов був переведений в Дубенський монастир, що знаходився в його володіннях, де став настоятелем і багато писав на захист православ'я. Проте ж, спрага подвижницького відокремленого життя змусила його перейти на святу гору Почаївську, але й там його обрали настоятелем. Для молитовних подвигів він віддалився в кам'яну печеру: ноги його вкрилися ранами так, що оголилися кістки.

Він був подвижником безперестанної молитви Ісусової - «Господи, Ісусе Христе, помилуй мене грішного», що довела подвижника до високих духовних ступенів. Ось, то про нього оповідає його учень і сподвижник Досифей, що став після його спочинку наступником по ігуменству. «Одного разу, коли молився преподобний в тій печері, раптом осяяло його світло Божої благодаті, сяюче по всій церкві протягом двох годин безперервно. Я ж, побачивши його, у великому жаху впав на землю, переможений таким дивовижним баченням».

Якої сили досягнув святий старець над грішною душею людською, показує наступний випадок: одного разу, прийшовши вночі на тік монастирський, він побачив злодія, який хотів звалити собі на спину лантух зерна. Преподобний допоміг йому підняти цей лантух, але нагадав йому про відповідь на страшному Суді Христовому. Вражений лагідним словом святого, грішник упав йому в ноги з благанням про прощення. 

В обителі преподобний Йов ввів спільножитний статут. Обитель він оточив огорожею з допомогою благочестивих поміщиків Феодора і Єви Домашевських і спорудив Свято-Троїцький собор, а потім і ще шість менших церков. Він створив Почаївську друкарню і продовжував писати на захист православ'я. Збереглася одна з його книг під заголовком «Книга Іова Заліза, ігумена Почаївського, власною його рукою написана». У 1889 році вона була видана під заголовком «Почаївська Бджола».

Друкарня преподобного Іова, відновлена на початку цього століття архімандритом Віталієм (Максименком), була ним вивезена після російської революції за кордон і нині продовжує існувати в Америці, у Свято-Троїцькому монастирі, обслуговуючи духовні потреби російської еміграції.

Багато лиха приніс преподобному Йову спадкоємець Анни Гойської, лютеранин Фірлей. Він заволодів монастирськими землями і навіть чудотворною іконою. Але свята ікона була повернута монастиреві, після того як дружину Фірлея спіткало за блюзнірство над нею Боже покарання, а землі були повернуті судом незадовго до кончини преподобного.

У вільний час преподобний Іов любив займатися садівництвом і розвів у Почаєві прекрасний сад.

У 1620 році він брав участь у Київському Соборі, що засудив унію і постановив твердо стояти за православ'я. Під постановою цим є підпис: «Іван Залізо, ігумен Почаївський».

Помер преподобний Йов 28-го жовтня 1651 року. Мощі його були відкриті у 1659 році після триразового його явлення митрополиту Київському Діонісію. Незабаром після цього в обитель приїхала на прощу Єва Домашевська. Вночі вона побачила, що в Троїцькій церкві сяє світло і почула спів. Служниця її, дівчина Ганна, пішла дізнатися, яке богослужіння здійснюється, і до свого жаху побачила, що церковні двері відчинені, а посеред церкви, між двома ангелами, молиться в надзвичайно світлому вбранні преподобний Іов. Звернувшись до дівчини, він наказав їй покликати ігумена Досифея, в цей час безнадійно хворого, і дав їй для нього плат, омоченний в миро. Хворий, отримавши цей плат, намастився їм і отримав зцілення.

У 1675 році татари обложили Почаївський монастир. На третій день облоги, під час читання акафісту, над монастирем з'явилася Сама Цариця Небесна. Татари пробували пускати стріли в Небесне явлення, але стріли поверталися назад і били їх самих. Тоді татари почали тікати.

У 1721 році Почаївським монастирем заволоділи уніати. Чудотворну ікону Божої Матері вони шанували, але доступ до мощів преподобного для віруючих закрили. Проте ж через 20 років чудеса преподобного змусили їх допустити до них віруючих.

У 1831 році уніати були возз'єднані з Православною Церквою. Мощі преподобного були знову урочисто відкриті, а Почаївський монастир оголошено Лаврою.