Преподобний Нил Столобенський відійшов до Господа 7 грудня 1554. 

Через багато років на острів озера Селігер, де подвизався святий подвижник, прийшов ієромонах Герман і слідом за ним холмогорець, мандрівник Борис. Разом вони оселилися на острові й збудували храм на честь Богоявлення з прибудовою в ім'я святого блаженного Василія, Московського чудотворця. Згодом на місці подвигів преподобного Нила виникла обитель, названа його ім'ям. Іноками Оршинського монастиря була написана ікона преподобного Нила, на місці поховання святого стали відбуватися чудесні зцілення хворих. Згодом святитель Нектарій,  архієпископ Сибірський і Тобольський, що мешкав в обителі, вирішив побудувати кам'яний храм замість колишнього, дерев'яного.

Під час закладення фундаменту земля обсипалася і відкрилися нетлінні мощі преподобного Нила. Набуття мощей відбулося 27 травня 1667, одночасно було встановлено святкування преподобному на честь цієї події.