Ікона Різдва Пресвятої Богородиці Ісааківська була явлена в 1659 році неподалік від села Ісаакіївського Ярославської єпархії. Селяни, що знаходилися в той час у лісі і побачили образ у гілках верби, хотіли перенести ікону до свого села, але не змогли. Тоді вони звернулися до священика, і він, одягнувшись, у супроводі причту і народу, зі священними хоругвами відправився на місце явлення образу Божої Матері. Від ікони, що знаходилася в гілках верби, виходило надзвичайне світло, подібне до сонячного. Після молебного співу священик благоговійно зняв ікону з дерева і переніс у село Ісаакіївське в парафіяльний храм. Однак на наступний день новоявленої ікони в храмі не виявилося. Вона була на тому самому місці, де її вперше знайшли. На місці явлення чудотворної ікони побудували каплицю, навколо якої поступово утворився скит.

З благословення святителя Іони, митрополита Ярославського і Ростовського, у 1662 році на місці каплиці було збудовано дерев'яний храм на честь Різдва Пресвятої Богородиці. У 1758 році замість дерев'яного було побудовано кам'яний храм, в який і перенесли чудотворний образ. З 1766 році Ісааківська пустель була почислена позаштатним монастирям, а Ісааківска ікона Божої Матері хресним ходом переносилася до храмів Вологодської та Ярославської єпархій.