Учень преподобного Олександра Свірського. Сподобився бути свідком благодатних відвідин його вчителя Пресвятою Дівой Богородицею.

Преподобний Афанасій почав свої чернечі подвиги на Валаамі, а потім у Свірському монастирі. Після упокоєння свого наставника святий пішов для пустинножительства в дрімучі ліси Карелії, де на озері Сяндемі заснував обитель. Унаслідок наклепу на нього місцевих жителів преподобний Афанасій переселився назад до Свірського монастиря, де був обраний ігуменом, але в 1577 році знову повернувся на озеро Сяндем.

Багато потрудився преподобний і в духовному облаштуванні обителі. Останні роки свого життя святий провів у самотності на одному з островів озера. Помер преподобний Афанасій у глибокій старості, і над могилою його була споруджена церква в ім'я святителів Кирила і Афанасія Олександрійських, що згоріла під час пожежі в 1720 року. Поблизу споруди нової церкви були знайдені нетлінні мощі святителя Афанасія.