Під час патріаршества Діоськора (444 - 451), який був послідовником монофізітського псевдовчення Євтихія, в Александрії жив пресвітер Протерій, який безстрашно викривав єретиків і сповідав православну віру. У 451 році на Халкидонськом Уселенському Соборі єресь Євтихія була засуджена і складено визначення, по якому Христос сповідається, як Довершеного Бога і Довершену Людину, що перебуває в двох пріродах несліянно і нероздільно. Єретик Діоськор був позбавлений влади і вигнаний, а на Александрійський патріарший престол був зведений Протерій, що відрізнявся строгим і добродійним життям.

Проте, в Александрії залишалося багато прихильників Діоськора, які повстали проти обрання Протерія, провели заколот і спалили воїнів, присланих для їх утихомирення. Благочестивий імператор Маркиан (450 - 457) позбавив александрійцев всіх пільг, якими вони користувалися, і послав новий посилений загін воїнів. Тоді жителі міста змирилися і просили Патріарха Протерія клопотати перед імператором про повернення їм колишніх привілеїв. Незлобивий святитель погодився і легко досяг просимого.

Після смерті Маркиана єретики знову підняли голови. Пресвітер Тимофій, що домагався патріаршого сану, скориставшись відсутністю правителя міста, виступив на чолі бунтівників. Святитель Протерій вирішив залишити Александрію, але в ту ж ніч він побачив уві сні святого пророка Ісаїю, який сказав йому: "Повернися в місто, там я чекатиму тебе". Святий зрозумів, що це - попередження про мученицьку кончину, повернувся до Александрії і сховався в крестільне.

Бунтівні єретики увірвалися в цей притулок і убили Патріарха і ще шість чоловік, що були з ним. Їх не зупинило навіть те, що відбувалося це в самий переддень Великодня - у Велику Суботу. У люті своєю вони дійшли до того, що, прив'язавши мотузок до тіла убитого святителя, витягнули його на вулицю, били, терзали і, нарешті, спалили, а прах розвіяли за вітром (+ 457).

Православні сповістили про це святого імператора Льва (457 - 474) і святителя Анатолія, Константинопольського Патріарха (449 - 458). До Александрії прибуло військо, заколот був пригнічений, Тимофій зраджений суду і засланий.

По кончині священномученика, сучасні йому чотири єпископи фракийськіє писали: "Святейшего Протерія вважаємо в чині і лику святих і просимо Бога бути милосердним і милостивим до нас його молитвами".