Преподобна Аполлінарія була дочкою Анфемія, колишнього правителя Грецької імперії під час малолітства Феодосія Молодшого (408 - 450). Відмовившись від шлюбу, вона випросила у своїх благочестивих батьків дозвіл поклонитися святим місцям Сходу. Прибувши з Єрусалиму в Олександрію, вона таємно від слуг переодяглася в одяг ченця і зникла в одній болотистій місцині, де кілька років трудилася в суворому пості і молитвах. За одкровенням з Висоти, вона попрямувала в скит до святого Макарія Єгипетського, назвавши себе ченцем Дорофеєм. Преподобний Макарій прийняв її в число своєї братії, і там вона незабаром прославилася своїм подвижницьким життям. У батьків Аполлінарії була інша дочка, яка страждала біснуванням. Вони відпустили її в скит до преподобного Макарія, який привів хвору до ченця Дорофея (блаженної Аполлінарії), по молитві якого дівчина отримала зцілення. Після повернення додому дівчина знов піддалася насильству диявола, який дав їй вигляду жінки, що носить в утробі. Цей випадок привів у сильний гнів її батьків, які послали в скит воїнів і вимагали видати винуватця образи дочки.

Свята Аполлінарія взяла на себе провину і пішла з надісланими в будинок своїх батьків. Там вона відкрила батькам свою таємницю, зцілила сестру, повернулася в скит, де незабаром мирно померла в 470 році. Тільки після смерті ченця Дорофея відкрилося, що це була жінка. Тіло святої було поховано в печері, в церкві обителі святого Макарія Єгипетського.